Iglesia románica de San Juan

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Ubicada en la Calle San Juan Bautista.
Debió ser la iglesia románica más importante e interesante de la ciudad.
Se construye en el primer tercio del siglo XIII.
De planta basilical y tres ábsides, estuvo en activo hasta 1843, por el estado ruinoso del edificio, a partir de entonces, el abandono y el expolio, la han reducido a unas ruinas mínimas testimoniales.
Después de ser parróquia, se utilizó como cuadra para caballos del ejército, después como depósito de materiales de construcción del cuartel que construyó el Estado sobre el antiguo Palacio de los Obispos.
Hasta 1914 se conservaban sus dos puertas; una, está en la Iglesia de la Santa Cruz y la segunda, que en dicha fecha se conservaba impecable, con su archivolta apuntada, ha desaparecido.
Los seis capiteles con capiteles de figuras humanas, mascarones y hojarasca.
De lo que era la antigua iglesia hoy sólo quedan los restos de los muros de dos ábsides semicirculares, el central y el derecho y la cabecera rectangular; restos de la fachada Norte; una mínima parte de la Oeste y el arranque de dos pilares.
Se ha recuperado la traza original, se han eliminado elementos añadidos y se han restituido en su lugar otros que se conservan.
Se han recolocado las columnas que sostenían la cubierta de la nave.
También se ha reconstruido la puerta lateral que da a la Calle San Juan Bautista y que actualmente es la puerta principal de la iglesia, ya que la puerta original fue trasladada a la también Iglesia románica de Santa Cruz.
Recientemente han acondicionado el lugar y es un auditorio donde se celebran conciertos musicales y representaciones de todo tipo siendo el antiguo ábside el escenario de las mismas.
Los seis capiteles son los elementos originales más significativos del edificio. El interés sobre éstos fué puesto de manifiesto por Enrique Romero de Torres, en su catálogo sobre la provincia realizado a principios del siglo XX. En él habla de los restos de la Iglesia de San Juan Bautista, y dado su estado de abandono, se indica sobre la convenientia de establecer o habilitar un local adecuado que tuviera el carácter de museo para la conservación de piezas como éstas. Durante el primer cuarto del siglo XX los capiteles sufren una serie de traslados, primero desde su emplazamiento original fueron depositados en la antigua Escuela de Artes y Oficios, para posteriormente trasladarlos al antiguo Seminario San Felipe Neri (actualmente sede Antonio Machado de la Universidad Internacional de Andalucía en Baeza). Con motivo de la rehabilitación realizada en 1992 en el Edificio del antiguo Seminario, se recuperan para devolverlos años más tarde a su lugar original.
Los depósitos arqueológicos más antiguos documentados están formados por varias sepulturas humanas excavadas parcialmente en la base geológica de arenisca y orientadas en sentido Este - Oeste, muy próximas unas a otras. Los inhumados se depositaron en posición decúbito supino, salvo en un caso que se enterró de lado. Este tipo de enterramientos se identifica conforme al rito religioso cristiano. Realizadas antes de la edificación de la iglesia, por lo tanto podrían formar parte de la necrópolis visigoda de la ciudad, identificada en zonas próximas del entorno de la Catedral. El uso funerario se prolonga durante las etapas bajomedieval y renacentista.
Tiene una letrina realizada posiblemente entre los siglos XVIII y XIX, antes de la utilización del templo como caballerizas del ejército. Esta edificación se construye sobre las sepulturas anteriores que podrían corresponder a la necrópolis visigoda de la Ciudad.
Tiene una cripta compuesta por la camara sepulcral y corredor de acceso. Se construyó recortando el sustrato geológico de arenisca. La cámara con una altura máxima de 1,80 cm. estaba cubierta por una bóveda rebajada de sillería y disponía de bancos corridos en sus paredes. En su interior se registraron numerosos restos humanos. La cantidad y el estado de los restos óseos de los difuntos, junto a otras evidencias materiales asociadas (suelas de zapatos, restos de madera y ropa, fragmentos cerámicos, etc.) permiten establecer el uso reiterado de la cripta como sepulcro desde la etapa renacentista hasta momentos contemporáneos previos al cierre del templo al culto que tuvo lugar en 1843.
Presenta lo que pudo ser una cripta en el lado de la epístola, en la que se encontró una atarjea que podría determinar su reutilización como fosa séptica durante la utilización del templo como cuadras del ejército.