Su origen está en el levantamiento de la Nueva Población de Arquillos y fue la prisión uno de los edificios importantes junto con la Iglesia y la alcaldía.
Su nombre de Casa del Comandante es porque era la casa del Comandante Civil, figura equivalente al alcalde, cuentan que en ella estuvo preso a finales del verano de 1.823 el general D. Rafael de Riego (1785 - 1823), apresado por partidas realistas de Fernando VII en las inmediaciones de Arquillos, concretamente en una finca que hoy lleva su nombre, la Finca de Riego (Cortijo de Riego).