- La presencia judía se halla documentada desde el año 612.
- Fue a partir del siglo X, con el nacimiento en Jaén del célebre cortesano judío Hasday ibn Shaprut, cuando la judería giennense alcanzó realmente su esplendor.
- El padre de Hasday, Isaac ibn Shaprut había fundado una sinagoga en Jaén y era mecenas de artistas locales.
- Durante toda la Edad Media existió en Jaén una nutrida población judía, que debió contar con sus edificios comunales tales como sinagogas, baños rituales, taberna para el vino judaico, etc.
- Bajo la dominación castellana la judería tuvo gran importancia durante los reinados de Fernando III y de Alfonso X
- La coalición de la Santa Cruz acogía a los judíos giennenses a comienzos del siglo XV.
- Su declive comenzó con las graves persecuciones antijudías de 1391.
- En 1408 los judíos castellanos y aragoneses estaban obligados a vivir dentro de las juderías y llevar trajes distintivos.
- En 1415 el Papa Benedicto XIII lanzó una bula contra los judíos que provocó conversiones en masa y desde entonces los judíos vivieron como conversos. Tenían su propia cofradía y veneraban a San Marcos como patrón.
- Algunos judíos ocupaban cargos de escribanos.
- El obispo jienense Diego de Deza, llegó a acusar a fray Hernando de Talavera, arzobispo de Granada, de ser judaizante, si bien no logró convencer de sus acusaciones al Santo Oficio que velaba por el prestigio del obispado.
- Todo el beneplácito terminó con la creacción en 1480 del tribunal de la Inquisición en España nombrando inquisidores generales a Tomás de Torquemada en Castilla y a Pedro de Arbués en Aragón.
- En Jaén se creó en 1483 del tercer tribunal de la Inquisición de España en el reino. Fue el tercer tribunal más importante de la península detrás del de Sevilla y Córdoba. El tribunal que se estableció en el corazón del que fuera antiguo barrio judío.
- En ese mismo año de 1483 fue ordenada la expulsión general de los judíos, que concluyó en 1485 en Andalucía y en 1492 en España.
- En aquellos momentos, Jaén contaba con numerosos Judeoconversos que trabajaban en la artesanía, el comercio, la usura e incluso la trata de esclavos.
- El aumento de sus riquezas, por los oficios que ocupaban, suscitó los recelos y el odio del resto de la población. A ello se vino a sumar el hecho de que la Inquisición controlaba la ortodoxia en los cargos jerárquicos con la limpieza de sangre, para lo que se abrían expedientes con investigación genealógica.
- Víctimas de las sospechas y de acusaciones perecieron personalidades como Diego Fernández, administrador de los bienes de la Catedral, que fue quemado vivo en 1510.
- A pesar de las persecuciones, se documentan prácticas judaizantes hasta bien entrado el siglo XVIII.
- Todavía entre los descendientes de los judíos expulsados del país se conservan apellidos familiares con tradición de ser de Jaén, tales como Marrache, Dayan (procede del Yayyán islámico) y el apellido Jaén en sus diferentes variantes en judeoespañol: Djaen, Djain, D"Jaen y Kaen, este último sólo en Turquía.
- La ciudad de Jaén en la actualidad, es miembro de pleno derecho de la Red de Juderías de España -Caminos de Sepharad-.