Si bien su poblamiento se produjo desde el siglo XVI y muy especialmente durante el siglo XIX.
Todo parece indicar que la ermita se construyó en 1449 en agradecimiento al Evangelista Marcos, cuya divina intercesión salvó las cosechas de un ataque de langosta que asoló la ciudad.
Esta primitiva ermita fue ampliada durante todo los siglos XVII y XVIII, siendo escenario de numerosas celebraciones durante la Edad Moderna.
Será con la llegada de los franceses cuando se produzca la destrucción de la ermita, pasando el culto del santo a la cercana parroquia de San Isidoro.
Sin embargo, no todo el templo fue demolido pues aún quedan algunos restos integrados en una casa de la calle Fuente Risas: tan sólo unos sillares, así como algunos relieves de temática agrícola (una cruz entremezclada con una flor de cardo), así como la hornacina con la imagen de la Virgen (que posiblemente ocuparía el primitivo camarín).