• El Museo se haya situado en la que fuera el Panteón de los Canónigos (Catedral de Jaén. Panteón) de la Catedral de Jaén.
• Aprovechando su distribución tripartita se habilitaron tres salas de exposición.
• La pintura es el capítulo mejor representado en cuanto a cantidad.
• Pinturas entre finales del siglo XV y el siglo XIX, aunque el periodo de mayor número de obras es el barroco.
• La escultura, al contrario que la pintura, es más pródiga en obras del renacimiento que del barroco.
• El Cristo del Corpus del primer cuarto del siglo XVI atribuido a Jacobo Florentino, por unos, y a Jerónimo Quijano por otros.
• San Lorenzo sobre las parrillas, de claro manierismo, evocador del arte de Berruguete, es la pieza cumbre de los años finales del siglo XVI.
• San Juan de la Cruz, talla barroca de tamaño natural y excelente policromía, en la línea de las grandes esculturas de santos de Cano y sus seguidores.
• Esculturas (la de San Agustín con cabeza articulada) de Pedro Roldán, renacentistas y del siglo XIX.
• Retablito de madera y alabastro renacentista con el tema de la Crucifixión.
• Descendimiento de alabastro inspirado en los diseños flamencos manieristas.
• El tenebrario es del Maestro Bartolomé y, también atribuidos a él, el hachero del cirio pascual. Ambos de hierro repujado.
• Libros corales de la primera mitad del siglo XVI con miniaturas de la escuela granadina
• Las capas y casullas del XVI al XVIII
• El bargueño-relicario de Santa Cecilia de madera de ébano con incrustaciones de bronce de influencia italiana.
• Fragmentos de un retablo renacentista
• El retrato de San Fernando, atribuido a Valdés Leal
• Relicario de Santa Cecilia