- Hacia 1262 fundó Alfonso X el Sabio la Capilla Real de San Clemente, en cuya festividad (23 de diciembre) había nacido el rey Sabio, hijo de Fernando III el Santo, conquistador de Córdoba.
- Ocupaba en anchura cuatro naves de Almanzor (Mezquita Catedral. Ampliación de Almanzor), y en profundidad el espacio entre cinco columnas.
- Era pues la capilla de mayor amplitud de entre las creadas en la catedral a lo largo de los siglos.
- Destacan las tres bóvedas de crucería con lucernario, proyectada por Hernán Ruiz I. Las otras dos también son bóvedas de crucería.
- Desde mediados del siglo XIV hasta comienzos del XIX el cabildo celebró en ella sus sesiones capitulares.
- Desde 1932, se convirtió en un espacio museístico que ha derivado en el actual Museo de San Clemente.