- Cuando la orden de los Padres Hospitalarios de San Juan de Dios llega a Antequera, en la segunda mitad del siglo XVII, se inician las obras de la iglesia que lleva su nombre y que se prolongarían hasta finales del XVIII.
- Fue levantada acompañando al hospital que se cerró en 1999.
- La fachada se compone de un rectángulo flanqueado de dos grandes pilastras toscanas y entablamento, sobre el que se sitúa la espadaña.
- Todo ello se realizó en piedra arenisca procedente de las ruinas de la ciudad romana de Singilia Barba, en las inmediaciones de lo que hoy es Antequera, con excepción de la portada que es de caliza roja del paraje natural de El Torcal.
- Lo más importante del templo es el interior, joya del barroco andaluz, gracias a su decoración de blancas y movidas yeserías, algunas ribeteadas y fondeadas de azul, en las que predominan los motivos vegetales y animales, aunque también representan ángeles.
- Estos motivos ornamentales llegan a su máxima expresión en la cúpula del crucero. Adornada con ricas y variadas yeserías, siendo considerada como una de las mejores del barroco andaluz. Con lucernario exterior.
- El retablo mayor cuenta con una escultura de la Inmaculada, situada en la hornacina central, acompañada en los laterales de las imágenes de San Joaquín y Santa Ana.
- Esta iglesia también reúne un amplio conjunto pictórico, cuya temática responde en su mayoría a pasajes de la Vida de San Juan de Dios.
- El Área de Turismo la ha abierto para las visitas turísticas, tras una gran restauración de su interior y exterior. Se organizan actividades culturales en su interior.