Fue fundado y dotado en el año 1568 por Francisco de Quixada, escribano público, su hermana Catalina y su mujer Isabel de Vilches.
En su sencilla fachada de buena sillería destaca la portada, con hueco de medio punto, decorada clave y figuras alegóricas en las enjutas, entre pilastras de capiteles con ovas.
Encima, friso de triglifos y rosetas y sobre él, entre pilastras estriadas de capitel corintio.
Un buen relieve de la Santa titular, representada en penitencia, con la disciplina, la calavera, el libro, el crucifijo y una cinta que parte de la boca del Crucificado con una inscripción latina tomada del evangelio de san Lucas y referida a la Magdalena; el conjunto parece esculpido con cierto "toque de modernidad".
A los lados el escudo del obispo D. Sancho Dávila (1600-1615) y bajo ellos una fecha: 160(.) (falta la última cifra).
Su pequeña iglesia fue restaurada en 1940 y pintada en 1974 por el artista local Murillo.
Consta de una sola nave sin crucero, cubriéndose la cabecera con una bóveda elíptica y la nave con medio cañón con lunetos; lleva pinjantes en los centros de cada tramo.
Discreto retablo, dorado en sus elementos principales.
Su órgano se trata de un instrumento moderno construido en 1970 por la firma española OESA.
Dentro de la iglesia, se encuentra en el coro alto de la misma, estancia que pertenece a la clausura del Monasterio de las Agustinas Recoletas.
La caja del instrumento es un mueble funcional, la cual tiene un castillo de tubos que cubre su fachada y siendo accesible a través de dos puertas laterales. Dentro de dicho mueble se observa el resto de la cañería, siendo los bajos de cobre y madera. La parte baja alberga el pulmón de aire que se carga mediante una motobomba.
Cuenta con secreto y transmisión de registros y de teclado eléctricos, localizándose la consola cerca del mueble. Ésta dispone de un teclado. (Fuente jaenescondido.es).
Dos joyas guarda este convento que mueven el fervor o el orgullo de los baezanos: La magnífica talla procesional de Jesús Caído, atribuida tradicionalmente a Martínez Montañés (1568-1649), aunque no debemos descartar la posibilidad de que sea obra del escultor de Baza José de Mora (1642-1724), o en todo caso, de escuela granadina.
El sepulcro de Sor Mónica de Jesús. Nacida en Monteagudo (Navarra) el 17 de mayo de 1889 y muerta en Baeza el 14 de junio de 1964, tras 55 años de vida claustral en este convento, goza de una extraordinaria devoción en esta ciudad. Se conservan instrumentos de mortificación de Sor Mónica de Jesús.
Posee unos jardines en su parte posterior visibles desde las edificaciones vecinas.