- La planta de la Catedral de Baeza es basilical y, salvo los pies del templo, data del XVI.
- Las tres naves están divididas por pilares cruciformes con columnas adosadas de capiteles corintios y de doble altura.
- El entablamento, con friso decorado, se articula sobre arcos de medio punto moldurados.
- Las bóvedas tienen ornato plateresco, destaca la del crucero con medallones policromos.
- Vandelvira aprovecha los pilares góticos y alguno más que hubo de hacer, añadiéndoles capiteles y entablamentos platerescos sobre los que hizo arrancar las bóvedas baídas que sustituyeron a las derrumbadas de crucería. Dichas bóvedas están lindamente decoradas, sobre todo las centrales, destacando la del crucero con medallones policromados, los cuatro evangelistas en las pechinas y una inscripción con la fecha de terminación ya mencionada. Es curiosa la solución dada al arco central del crucero para pasar del arco apuntado al medio punto: suplementando los entablamentos afrontados de los pilares gruesos con un nuevo friso decorado con figurillas.