La construcción empezó en 1512, utilizando las lápidas de los antiguos cementerios musulmanes.
No se sabe quien fue el arquitecto.
Tallados entre los arcos están los escudos de los Reyes Católicos Fernando y Isabel y el Emperador Carlos I, las iniciales del Rey y la Reina y también el lema "Tanto Monta" de la expresión "Monta tanto, Isabel como Fernando".
Anteriormente se celebraba el tribunal de la Inquisición aquí y donde vivió Torquemada, uno de los primeros y más duros dirigentes de la Inquisición que trabajaba como Inquisidor General.
Hay una estatua de Fray Luis de Granada delante de la iglesia.
Es su puerta se encuentra la estatua de fray Luis de Granada.