- La presencia del hombre en esta zona se remonta a la Prehistoria, como lo atestiguan las pinturas rupestres y otros hallazgos de la Cueva de los Murciélagos. Estos restos junto a piezas de cerámica nos conducen al Neolítico.
- El poblamiento ibérico del término de Zueros se circunscribe, en la actualidad, a la existencia de cuatro magníficas fortificaciones y algunas otras evidencias de escasa entidad. Este tipo de ocupación que se establece con el único objetivo de controlar el territorio, puede confirmar la idea de la existencia de una frontera entre los grandes estados ibéricos de la campiña y las Sierras Subbéticas.
- Algunos investigadores identifican esta villa con la Sucubo romana citada por Plinio.
- De época visigoda se encuentra la Necrópolis de Fuenfría.
- El Castillo de Allende parece ser el núcleo original de Zuheros.
- Se piensa que el primer núcleo de población surgió hacia finales del siglo IX, cuando los soldados Banu Himsi construyeron un castillo sobre las rocas inexpugnables, denominadas "sujaira", estableciéndose allí. Eligen un lugar privilegiado desde donde dominan el territorio, seguros por su inaccesibilidad, controlan los caminos más transitados, desde Córdoba a Granada y desde Zuheros a Luque y más tarde a Doña Mencía.
- En sus orígenes, perteneció a la Cora de Elvira (Granada), siendo fortificada a finales del siglo XII.
- Gozó de una gran importancia militar y estratégica durante la dominación árabe.
- Siendo conquistada tras duro asedio por Fernando III en 1240, que la donó a su mujer Doña Juana. Poniendo el castillo bajo jurisdicción señorial y fortaleciendo de este modo la frontera con el reino nazarí de Granada.
- La referencia escrita más antigua que conocemos sobre la existencia de Zuheros en la Edad Media se remonta a la Primera Crónica General, elaborada durante el reinado de Alfonso X, aludiendo a las conquistas de 1240-41 de Fernando III el Santo. En ésta y en una carta de Alfonso X fechada en 1254 la referencia al topónimo de Zuheros es doble (como Çuheros y Çuheret), de lo que podemos deducir que se trata de dos asentamientos próximos, uno de los cuales es de menor entidad que el otro. En fechas posteriores (1284, 1290 y 1294), bajo el reinado de Sancho IV, la referencia a Zuheros es ya única, en la forma de Çuheros o Cuferos. Esto hace suponer que el lugar de Çuheret había dejado de existir, despoblándose, y que se habría integrado en Çuheros.
- Entre los años 1240 y 1241 se firma un pacto, que permitía a los habitantes musulmanes se quedaran en este lugar con sus propiedades, costumbres, justicia y religión.
- Bajo este dominio cristiano, se trasladará la población al núcleo actual, por su mejor defensa, configurándose el pueblo que es en la actualidad.
- Una vez conquistado Zuheros, su territorio fue puesto bajo jurisdicción señorial.
- Fernando III lo dona a su esposa, Juana de Ponthieu, que lo entregará para su defensa a la orden de Calatrava en 1252.
- Fernando III el Santo elabora un nuevo plan de defensa de este lugar. Para ello construye una fortaleza (Castillo-Palacio de Zuheros) en una zona de difícil acceso que es rodeada por un gran lienzo de muralla (Muralla de Zuheros) que protegía a los habitantes de la villa.
- Alfonso X "El Sabio" se lo dono a su hijo, el infante Don Juan, pero, a raiz del incumplimiento de un acuerdo, Sancho IV ordenó su conquista al consejo de Códoba, en 1293.
- Sancho IV la cedió a la ciudad de Córdoba, en unión de Baena y Luque, quedando hasta hoy bajo jurisdicción de ésta.
- En 1441, Juan II concede el señorío de la villa a Gonzalo Martínez de Córdoba, de la casa de los Aguilar, quien al morir sin sucesión la da a don Alfonso Fernández de Córdoba, alcaide de los Donceles, en recompensa a sus servicios. Muerto éste, también sin sucesión, deja heredero a su hermano don Pedro Fernández de Córdoba y Solier, arcediano de Castro, que al ser elevado al episcopado cordobés hace donación de Zuheros en favor de su hijo legitimado, don Alonso Fernández de Córdoba, sobre el que instituyó el mayorazgo.
- Participaron los Zuhereños en la batalla de Lucena con su Señor Alonso Fernández de Córdoba "al frente de aguerridos jinetes" participando en el apresamiento de Boabdil.
- Alonso Fernández de Córdoba construye un palacio renacentista anexo al Castillo de Zuheros
- Fernando Fernández de Córdoba se hace una casa Señorial, en el solar que hoy ocupa el Hotel Zuhaira (Casa señorial de los Fernández de Córdoba).
- Además enriqueció la Iglesia Ntra. Sra. de los Remedios con la fundación de diversas capellanías y donativos como: La cruz parroquial y la Custodia que se procesiona en el Corpus, ambas de Damian de Castro.
- El día 1 de Noviembre 1755 llegó el Terremoto de Lisboa, y debido a que nos situamos en la misma placa tectónica, Zuheros se ve bastante afectado, destruyéndose casi por completo el Castillo y varias casas del pueblo.
- A finales del siglo XVII principios del XVIII la casa de Zuheros, por lazos matrimoniales, pasa al Marqués de Algarinejo, que a lo largo del siglo XVIII además se anexionará el Marquesado de Valenzuela y el Condado de Luque, en la figura de Francisco Rafael Fernández de Córdoba Venegas, casa a la que pertenecerá Zuheros hasta la desaparición del señorío con las Cortes de Cádiz en 1812.
- La Cueva de los Murciélagos declarada Monumento Natural por la Junta de Andalucía en el 2.002.
- Fue declarado Bien de Interés Cultural en la modalidad de Conjunto Histórico-Artístico (2003).