Fue Consejero de Carlos V y Secretario de Estado de Felipe II.
Señor de Payo, Trece de la Orden de Santiago, Comendador de Guadalcanar y de Valencia del Ventoso y Alférez Mayor de Úbeda.
Invalidó su matrimonio con Antonia del Águila la mentecata y casó con Luisa Carrillo y Mendoza, hija del Conde de Priego.
De estas dos uniones no tuvo descendencia alguna.
Por este motivo rehabilitó el palacio que mandó construir a Andrés de Vandelvira y que nunca llegó a habitar (Palacio de las Cadenas), adaptándolo para un convento de religiosas Dominicas, destinado a doncellas del linaje Molina de Úbeda o Baeza.
En 1566 se inauguró conociéndose como el Convento de las Cadenas.
Fue un hombre muy rico, tuvo la explotación de las minas de Liébana, del Cabo de Ntra. Sra. de Talavera y León, entre otras.
Considerado uno de los mayores bienhechores de Úbeda
D. Juan fue nombrado testamentario de Carlos V y su hermano, el Obispo Diego de los Cobos, fue el fundador del Hospital de Santiago, que venía a paliar en lo posible los estragos que causaba la epidemia de peste de la época.
Muere en 1570.
Al morir D. Juan fue enterrado al lado del Altar Mayor de la capilla del convento.