- Perteneciente a la primera fase constructiva
- Siendo promotor el abad don Juan de Avila
- Corresponde a los pies de la iglesia
- Fue proyectada por Martín de Bolívar.
- En el exterior se pueden contemplar los contrafuertes, coronados por pináculos.
- Está sustentada por cuatro pilares interiores que junto a los contrafuertes exteriores, que se ven en la fachada y muros laterales, sostienen las bóvedas de crucería estrellada.
- Esta estructura ojival de fuerte raigambre gótica se aúna a la decoración del primer renacimiento, conocido como plateresco. Dicha ornamentación está representada por heráldica (escudo del abad), conchas, rosetas, discos, hojas de acanto, husos y perlas, ovas y dardos, dentículos, capillas-hornacinas... que se encuentran en los paramentos.
- El espacio se organiza en tres naves de dos tramos cada una. Sobre los primeros tramos, aparecen en altura, dos plantas, creándose el coro y torre de la iglesia, cuyo chapitel sería reconstruido durante la tercera etapa y posteriormente, a mediados del siglo XVII, se acomete la última remodelación.
- La estructura gótica de bóvedas estrelladas está recubierta por una refinada decoración plateresca. En este sector, las capillas funerarias están concebidas como monumentales portadas decoradas con el mismo patrón plateresco. Del mismo momento es el Baptisterio (La Mota. Iglesia Mayor Abacial. Baptisterio), bajo la torre (La Mota. Iglesia Mayor Abacial. Torre), que repite en sus arcos de acceso esta ornamentación.