Se compone de dos espacios la Antesacristía y la Sacristía propiamente dicha.
El maestro Francisco Florentino, fue sucedido por Jacobo Florentino en 1522, al cual se debe la ornamentación interior de la sacristía.
En el centro de esta bóveda se abre un óculo rodeado de una guirnalda de flores y frutos.
Cuenta con dos portadas, la que da a la nave, llamada de la ante-sacristía, fue proyectada por Jerónimo Quijano (1531) en forma de arco triunfal coronado por las virtudes teologales. Ésta abre paso a una sala cubierta por una cúpula en espiral en donde se encuentra una portada interior más sencilla, atribuida a Jacobo Florentino, que da paso a un pasillo con bóveda en esviaje por el que se accede a la sacristía.
La sacristía, trazada por Jacobo Florentino en 1522, fue continuada por su sucesor Jerónimo Quijano desde 1526, recubriendo sus paredes con unos tableros de nogal esculpidos con motivos renacentistas y un extraordinario relieve del Descendimiento en su frente principal.
Una gran cúpula con guirnaldas corona el recinto.
Algunos de los tableros se incendiaron en 1689, encomendándose su reparación al escultor Gabriel Pérez de Mena.