La decoración pintada de la bóveda ovalada que cubre la iglesia, obra atribuida al pintor Agustín Moreno, está recorrida en su base por una balaustrada de la que parten pilastras pareadas que separan las diversas escenas de la vida y milagros de San Juan de Dios, cotitular de la iglesia, santo fundador y patrón de la Orden Hospitalaria.