Conflicto armado entre el gobierno colonial español y los insurrectos filipinos del Katipunan, fundado por Andrés Bonifacio, que, si bien terminó con el dominio español sobre el archipiélago, sirvió como inicio de la guerra filipino-estadounidense.
En el siglo xix, y en plena crisis colonial española, la metrópoli miró hacia el Pacífico como la fórmula para aliviar sus males en los dominios americanos. Esta situación se produjo fundamentalmente al concluir la guerra de los Diez Años en Cuba (1868-1878), cuando muchas inversiones se reorientaron hacia Filipinas, porque se creyó que un lugar tan lejano no podría interesar a la nueva potencia emergente en el panorama mundial, Estados Unidos.
Haciéndose eco de estas inquietudes el ministro de Marina, Santiago Durán, manifestó que la recolonización de Filipinas era indispensable para España. Para la promoción del mercado filipino se organizó una exposición en Madrid en 1887, y un año después, en el seno de la Exposición Universal de Barcelona, Filipinas tuvo su propio pabellón.
Por otra parte, se había producido un hecho que acortaba enormemente las distancias. En 1869 se inauguró el canal de Suez. A partir de entonces, la travesía entre España y Filipinas duraba de veinte a treinta días, dependiendo de las condiciones meteorológicas. El suceso también tuvo una notable trascendencias para Barcelona, porque se convirtió en el puerto español que recibía todo el tráfico marítimo procedente del Pacífico.
La economía filipina era dinámica y su nivel de vida solo resultaba equiparable, en aquella zona, al de Japón, de manera que los productos manufacturados en la metrópoli eran consumidos por los habitantes de la colonia (cosa que no ocurría en Cuba). Una muestra de ellos fue el Banco Español Filipino, fundado en 1851 y primera entidad financiera moderna del continente asiático.
Los siglos de dominación española no fueron siempre tiempos de paz. Hasta 1896, las tropas españolas, que también nutrían sus filas con regimientos isleños, resolvieron los levantamientos contra la ocupación sin excesivos problemas.
Las manifestaciones de descontento se canalizaron a través de la aparición de determinadas asociaciones en la última década del siglo xix. Unas tuvieron un carácter vagamente autonomista y hallaron simpatías entre los demócratas y los masones españoles, como la Liga Filipina, fundada por José Rizal en 1892. Político e intelectual, pretendía que el archipiélago abandonase el régimen colonial para integrarse a las instituciones españolas. Muchas, sin embargo, optaron por una vía más radical, como sucedió con la Venerable Sociedad Suprema de los Hijos del Pueblo, conocida en el idioma tagalo como Katipunan. Se trataba de una sociedad secreta, constituida por revolucionarios e independentistas en julio de 1892 para conseguir la emancipación sin descartar los medios violentos, en contraste con el pacifismo de Rizal. El grupo, con Emilio Aguinaldo como líder más destacado, tenía tres grandes objetivos: luchar por la soberanía de Filipinas, promover una sociedad más solidaria y defender y extender los valores democráticos.
En agosto de 1896, los independentistas tagalos se sublevaron y hostigaron a las tropas españolas a través de una guerra de guerrillas. El ejército colonial, al mando del general Polavieja, declaró el estado de guerra el día 24, con una dura respuesta. Entre sus víctimas figuró José Rizal, acusado injustamente de complicidad con el Katipunan. Por ello fue detenido aquel mismo año, juzgado y fusilado por las tropas coloniales. Su muerte supuso un error de las autoridades de la isla y prendió la mecha definitiva de la sublevación, avivada ya por las noticias de la revolución que había dado comienzo en Cuba en febrero de 1895.
En 1896, miembros del Katipunan habían fundado la República del Kakarong en la localidad de Kakarong de Sili (Kakarong Real o Caracóng de Sile), en la provincia de Bulacán, isla de Luzón. La lideraban Canuto Villanueva como jefe supremo y el general Eusebio Roque —conocido como «Maestrong Sebio» o «Dimabungo»—, el cual estaba al mando de un ejército entre 3000 a 6000 hombres, y habían constituido una verdadera ciudad fortaleza. Al enterarse, el Gobierno español lanzó una ofensiva y, el 1 de enero de 1897, el comandante José Olaguer Feliú, al mando de una columna de seiscientos soldados españoles, tomó por asalto la fortificación de Caracong de Sile, derrotando a los katipuneros.
La guerrilla, mal organizada, mal armada y para colmo dividida, se vio incapaz de liberar el archipiélago. Sin embargo, los españoles tampoco conseguían imponerse a pesar de la represión y de sus victorias parciales. En realidad, para hacer frente al ímpetu independentista, España oponía muy pocas fuerzas. Según los cálculos, cuando se iniciaron las hostilidades, las tropas coloniales estaban compuestas por unos 14.000 hombres del ejército de tierra, en los que estaban integrados contingentes de guardias civiles y carabineros, a los que había que sumar unos 3000 de la armada: en total unos 17 000 hombres, de los cuales dos tercios eran nativos.
El 1 de noviembre de 1897 el Katipunan proclamó la República de Biac-na-Bató, el primer gobierno de Filipinas con Emilio Aguinaldo a la presidencia, y su primera constitución. Ante esta situación, Madrid sustituyó a Polavieja por el general Fernando Primo de Rivera, que comprendió la necesidad de negociar. A cambio de la rendición, prometió iniciar un proceso de reformas entre cuyos puntos figuraban la igualdad entre nativos y españoles, autonomía económica para el archipiélago, expulsión de las órdenes religiosas y diputados propios en las Cortes españolas.
Finalmente el 14 de diciembre de 1897 Primo de Rivera y los rebeldes firmaron el Pacto de Biak-na-Bató, disolviendo así el breve gobierno filipino, que duró 45 días. Los líderes independentistas, como Emilio Aguinaldo, emprendieron el camino del exilio, no sin antes recibir dinero del Gobierno español con el fin de asegurar su subsistencia en el extranjero. La paz, después de muchos esfuerzos, parecía asegurada. Fue entonces cuando entró en escena un actor imprevisto: los Estados Unidos.