- Ubicada en la Plaza de la Constitución.
- La iglesia se debe a una fundación particular de Doña María Notario de Lara, en el año 1604, si bien, su interior, denota trazas de una anterior fábrica gótica, obra anterior del siglo XV.
- Estos elementos góticos del siglo XV son la bóveda ojival de nervaduras reforzada con contrafuertes que cubre el presbiterio.
- Se conservan bastantes restos de la anterior Basílica Mudéjar.
- En su interior se encuentran también los restos del Castillo de Villanueva de la Reina.
- Osea que en su origen fue un Castillo, después una iglesia con trazas románicas que se construye en los restos del castillo, que termina siendo una Basílica gótico mudéjar y sobre los restos de ella se construye la actual iglesia.
- También se ha descubierto un pozo (Pozo Árabe) con dos salas y pasadizos.
- La edificación renacentista, la que vemos hoy, tiene fábrica de color rojizo.
- El templo se agranda y adquiere una planta rectangular y esquema de salón, dividida en tres naves.
- La entrada principal cambia a la lateral del costado sur edificando una nueva portada.
- La obra se sustenta sobre hermosos pilares cruciformes renacentistas con medias columnas adosadas de capiteles compuestos, de línea Vandelvirana.
- En el lado norte se encuentra la Capilla del Rosario, claro ejemplo del rococó andaluz de 1730. Se trata de una nave rectangular con bóveda de cañón con aristas dividida en dos tramos con cúpula barroca de casquete adornada con yeserías de motivos vegetales al gusto barroco.
- La fachada principal, con dos gruesos estribos, tiene en la parte superior ventanas con marcos de molduras de oreja, similares a los de la Catedral de Jaén.
- La portada tiene los escudos del Cardenal Baltasar de Moscoso y Sandoval (1682-1745) y Sancho Dávila y Toledo (1604).
- En la esquina se yergue la torre, cuadrada, con excelente aparejo isódomo.
- Se ha encontrado una cripta bajo la Capilla del Rosario. Se trata de una amplia estancia donde se realizaban enterramientos, según ratifica un documento aparecido en el Archivo Diocesano de Jaén.
- A finales del siglo XIX se termina de construir la torre campanario.
- En 1973 se remata la portada principal con la colocación de la hornacina de la imagen titular, la Virgen con el Niño.
- El retablo mayor actual es de la segunda mitad del siglo XX. El anterior, renacentista, atribuido al escultor y arquitecto Sebastián de Solís, fue destruido en la Guerra Civil Española.
- La recuperación ha sido posible gracias a que al principio de la década de los años 90, el cura párroco de aquella fecha, mandó realizar unas obras para la recuperación de la capilla del Rosario que llevaba abandonada muchos años, en las obras realizadas para poner la solería, apareció la citada bóveda tras el hundimiento de la solería de esta.
- En un documento fechado el 13 de septiembre de 1785 en el que se hace una dotación por parte de la Cofradía de Nuestra Señora del Rosario a favor de la fábrica, prior y clérigos sirvientes de la parroquia, recoge una mención al lugar descubierto en la iglesia La Natividad, de Villanueva de la Reina. Dice lo siguiente …se había hecho el Camarín que hoy tiene la Santa Imagen en su advocación, con su bóveda de enterramiento bajo, en cuyos reparos se cuida por la misma Cofradía....
- En el altar mayor se conservan las reliquias de Santa Quiteria.