Las criptas son especialmente famosas por ser el lugar donde el maestro renacentista Andrés de Vandelvira decidió descansar para la eternidad (Basílica de San Ildefonso. Cripta de Andrés de Vandelvira). Actualmente hay una placa en el lugar donde yacen los restos de Vandelvira, aunque no se trata del lugar original donde fue enterrado, que fue alterado con el cambio de posición del camarín de la Virgen de la Capilla a principios del siglo XVII.