- Este edificio data de los siglos XVI y XVII y fue construido por la Compañía de Jesús.
- Se encuentra en la confluencia entre la Calle Compañía y la Plaza de la Constitución del centro histórico, y se sitúa entre la Escuela de San Telmo, sede del Ateneo de Málaga; y el Anexo del Palacio de Villalón, que forma parte del Museo de la Colección Carmen Thyssen-Bornemisza.
- En esta iglesia se encuentra la sede canónica de la Cofradía de los Estudiantes, que sale en la Semana Santa de Málaga.
- Los jesuitas se establecieron en esta zona de la ciudad junto a una ermita dedicada a San Sebastián, cuyas pequeñas dimensiones hicieron necesaria la construcción de un templo.
- La iglesia es obra de Pedro Sánchez, que diseñó este edificio barroco de planta octogonal sobre uno solar donado por el obispo Blanco Salcedo en 1572.
- Fue inaugurada el 28 de noviembre de 1630.
- Los jesuítas Ángel Cortés y Díaz de Ribero diseñan el retablo mayor y el tabernáculo.
- La portada principal data de los años 1659 y 1660 y los retablos de San Ignacio y de San Francisco Javier son de 1672 y 1678.
- Al siglo siguiente, José Martín de Aldehuela abre una pequeña capilla en medio del retablo dedicado a San Pedro.
- Tras la desamortización y la expulsión de los jesuitas en la 1767, la iglesia fue transferida al Montepío de Socorro, que regentaba la parcela vecina de la Casa del Consulado y la Escuela de San Telmo.
- En 1790 pasaron a manos de la Sociedad Económica de Amigos del País.
- A mediados del siglo XIX se creó el Patronato del Santo Cristo de la Salud.
- En 1849 la imagen titular fue situada en el hueco que antes ocupaba la imagen de San Pedro. Ésta consiste en una talla de José Micael y Alfaro de 1633 y consiste en la imagen de Jesús atada a la columna. A esta talla se le atribuye la curación milagrosa que se dio en la ciudad en el año 1649 cuando apareció durante una epidemia.
- En esta iglesia se encontraba la sepultura de Pedro de Mena, actualmente en la abadía cisterciense de Santa Ana.