En el sitio que ocupa debió existir la Capilla más capaz y antigua de la Iglesia.
Según la tradición historiográfica local en esta capilla se reunía el Concejo de la ciudad para celebrar sus cabildos y tomar los acuerdos municipales, y se custodiaban los archivos de la Universidad de Priores y Beneficiados, así como de certificación de linaje de la nobleza de la ciudad, hoy desaparecidos, ya que fueron quemados y la capilla destruida en 1368 por los partidarios de Don Pedro Gil caballero leal a Don Pedro I, ya que Úbeda apoyaba a Don Enrique, hermano bastardo del monarca y pretendiente al trono.