• Su origen se remonta al siglo XVI, cuando se erige como Capilla del Hospital de la Santa Misericordia, perteneciente a las monjas de la Orden Franciscana.
• Esta Iglesia llevaba la advocación de Santa Isabel.
• Desde comienzos del siglo XVII se venera en la misma la Imagen del Santísimo Cristo de la Misericordia, Patrón de Jódar.
• En 1700 se comienza la construcción del actual edificio, finalizando las obras en 1759 con la magnífica media naranja con talla en yeso de estilo barroco.
• Cúpula barroca atribuida al tallista baezano Fabián Briones y familia. En su estrella central ocho querubines contemplan un amplio programa iconográfico con simbología de la Pasión.
  
• Múltiples detalles que posee la cúpula o media naranja, obra atribuida a los hermanos Briones y bendecida en el año 1759, uno de los detalles es una navaja y una oreja, que representa el momento en el que San Pedro cortó la oreja de uno de los soldados que iban a prender a Jesús en el huerto de Getsemaní... es un símbolo de la pasión más.
• Aún vemos semiborrada intencionadamente la fecha del comienzo de la construcción de la Iglesia "AÑO D 1700", sabemos este dato por un artículo publicado en la revista "Don Lope de Sosa", sobre esa inscripción había un medallón con el anagrama de Cristo, coronado por una cruz trebolada. El texto en las tardes soleadas aún se vislumbra.
• El edificio tiene una nave con decoración barroca.
  
• Ha sufrido importantes reformas a lo largo de los siglos, como la de 1880 o la de 1903 en que se construyó su actual Camarín. Y la más reciente en 2008.
  
• Sin embargo la más importante reforma fue la de 1966 a 1968, dejando a la Iglesia con su actual aspecto.
• La bóveda central de la Iglesia fue diseñada por el arquitecto José R. de la Lastra Rubio en 1967.
• Tiene un Retablo Mayor en estilo neorenacentista de Bravo Nogales de 1956
  
• Una pila bautismal en mármol de 1616 procedente de la Iglesia de la Asunción.
  
• Una vidriera del siglo XVIII.
• La Imagen del Cristo es de autor anónimo.
• El Santísimo Cristo de la Misericordia, patrón de la ciudad, cuya devoción se remonta al hallazgo fortuito de la imagen por un campesino. Protector contra plagas y epidemias, ha salido procesionalmente en innumerables rogativas y celebra dos fiestas anuales, en la Cruz de Mayo y en Septiembre.
• En las reformas del año 1966-1968 se perdieron muchos elementos del antiguo santuario.
• Junto a la Iglesia se levanta el edificio del Centro Parroquial, realizado con aportaciones de toda la ciudad entre 1985 y el 2005.