- En la nave del Evangelio de la Iglesia de Santa María, en el tercer tramo se encuentra la Capilla de San Ildefonso, construída a finales del siglo XVI por don Luis Valdivia Palomino y doña María Serrano Valenzuela, miembros de la nobleza local que la obtienen en patronazgo.
- Su bóveda elíptica sobre pechinas está decorada con interesantes estucos entre los que se encuentra la heráldica de los patronos.
- Su reja, fechada en 1578, es de estilo renacentista y procede del taller local que mantuvieron los sobrinos del maestro Bartolomé. Sobre la puerta se representa la imposición de la casulla a San Ildefonso por la Virgen.
- En la actualidad se encuentra en esta capilla el cuadro de la " Oración en el huerto" de Doménico Theotocópulos, el Greco. El lienzo formaba parte del primitivo retablo de la Capilla Mayor de la parroquia y su significación pasó inadvertido durante mucho tiempo, pues, desde el barroco, la excelente obra del Greco ocupó un segundo plano al no ajustarse a los nuevos criterios estéticos en boga. Don José Juliá Sanfeliú, Magistral de la S. I. Metropolitana de Zaragoza y años más tarde canónigo de la catedral de Baeza, en una de sus visitas a la ciudad, con motivo de la predicación de la novena de la Virgen del Carmen en la iglesia de Santa Marina, descubrió la autoría y la importancia de esta obra. En la primavera de 1936 el Frente Popular mandó el cuadro al Museo del Prado para su restauración, lo que evitó su destrucción. Se trata de un óleo sobre lienzo de 169 por 112 centímetros, realizado, probablemente, entre los años 1605 y 1610. En la parte inferior del cuadro se representa a San Juan, Santiago y San Pedro entrelazados en un profundo sueño. En el registro superior, en un plano mucho más alejado, se muestra a Cristo arrodillado sobre una roca. Sus brazos abiertos con las palmas de las manos hacia el suelo. Su mirada, intensa y suplicante, se dirige hacia el cáliz que porta el ángel en su mano izquierda y que se encuentra sostenido por una nube. A la izquierda de Cristo, en la lejanía, Judas y una gran multitud que se le acerca para consumar la traición. Sobre ellos, una Jerusalén difuminada por la distancia pero sorprendentemente iluminada. Una rama de olivo sirve de nexo y separación entre la parte superior e inferior que son de parecidas dimensiones. La línea de horizonte muy baja, en los pies de San Juan, por lo que la visión de la escena se desarrolla de abajo a arriba, propia de un lienzo de altar, situándose la convergencia en la cabeza de Cristo. Consecuencia de ello son los escorzos de los personajes que intervienen en la escena. Los apóstoles, en un plano muy cercano al espectador, al representarse en escorzo, muy acusado en la posición yacente de San Juan, exageran y dilata conscientemente la ilusión espacial en esta parte de la composición. Las figuras de San Juan y San Pedro concurren en un mismo plano que se prolonga en la del apóstol Santiago. La posición que adopta San Pedro parece inspirada en el Cristo del Juicio Final de Miguel Ángel de la Capilla Sixtina. La figura de Cristo se halla en un plano mucho mas alejado, consecuencia de ello es su menor tamaño. La relación entre las dos escenas que componen el lienzo no guarda la proporcionalidad adecuada en relación a los planos que la soportan. De ahí que la figura de Cristo y la del ángel estén excesivamente reducidas en correspondencia a las de los apóstoles. Esta distorsión del espacio real es un argumento válido y usual en la estética manierista. Con ello, probablemente, el Greco pretende resaltar la soledad de Cristo en este dramático momento. Los apóstoles, aunque cercanos físicamente a su Maestro, no comparten su dramática soledad, hasta tal punto que se encuentran abandonados en el sopor de un profundo sueño. Realidades anímicas diferentes que se hacen corresponder con planos que no guardan la correlación exigida. El Greco en la escena de Cristo opta por repetir los argumentos empleados en la posición de los Zebedeos. De tal manera que el ángel, cuyo rostro es el de San Juan, se nos muestra en escorzo y lateralmente para incrementar la ilusión espacial en correspondencia con la figura casi frontal de Cristo. El plano en el que se encuentra la figura de Cristo se hace coincidir con la única fuente de luz, sobrenatural, que existe en la composición. La lejanía de Cristo queda contrarrestada con el recurso de la luz que resalta su figura. Su túnica de rojo carmesí, tan característico del pintor, parece emanar luz. Los apóstoles, entre penumbras, en correspondencia con su ubicación y el significado de su actitud. La luz está empleada no sólo como recurso estilístico sino también con intencionalidad moral. En esta obra de madurez, el Greco, pone sobre la tela todos los recursos que han hecho inconfundible su estilo manierista a pesar de que la pintura española está buscando, por aquellas fechas, unos horizontes estéticos bien diferentes.
- En el cuarto tramo de la nave del Evangelio se encuentra la imagen de Jesús Caído. Donada por D. Juan José Jiménez Martínez para suplir a la original, destruída en la guerra civil. Realizada por el imaginero Coullaut Valera. Su retablo, de un sólo cuerpo, se debe al andujareño don Francisco Rodríguez Mefre. La Hermandad del Jesús Caído es una de las más antiguas de la ciudad, remontándose su fundación al siglo XVII.