• En este momento de la reconquista, Jaén pertenecía al reino moro de Arjona, uno de los tantos de Taifas que tras la derrota almohade se formaron, cuyo rey era Amed ben Yúsuf ben Nasar, conocido como Aben Alahmar, el hijo del Rojo, que finalmente trasladará su reino a Granada.
• Antes de 1245, Fernando III ya puso cerco a la ciudad. Fue en 1225, del 5 al 20 de Julio. La ciudad estaba defendida por Álvar Pérez de Castro, un noble castellano enemistado con el rey. Pero Fernando III termina por levantar el campo y dirigir sus tropas, a través de Martos y Fuensanta, hacia Granada.
  
• Álvar iría en busca del rey a Granada y obtendría su perdón, recibiendo honores y la confianza real.
  
• Tres años más tarde volvería el rey por tierras de Jaén y tomaría Castro, las actuales Peñas de Castro, y remontaría el río de la Plata por el cerro Veleta y Otíñar, cuya población sería destruida, al igual que antes se destruyó Grañena, en el Cerro Pitas.
  
• En 1230 vuelve a poner cerco a Jaén y los alrededores son saqueados.
• Cuenta la Crónica General de Alfonso X que estando el rey en Martos, oyó el consejo del Maestre de Santiago, don Pelay Correa, para cercar la ciudad de Jaén a mediados de 1245. También Alfonso X en su Primera Crónica General describe a Jaén como: ... Jaén, es villa real et de gran pueblo et bien enfortalecida et bien encastillada de muy fuerte et muy tendida cerca et bien asentada et de muchas et my fuertes torres et de muchas et buenas aguas et muy frías dentro de la villa et abindada de todos abondamientos que a noble et a rica villa conviene haber ...
  
• Cuando Fernando III pone sitio a Jaén ya se había hecho con muchas ciudades y villas giennenses, entres las que destacaban Úbeda y Martos.
  
• Su propósito de tomar la ciudad era firme y se prolongó desde mediados de diciembre de 1245 hasta el 28 de febrero de 1246, meses en los que los sitiadores sufrieron los rigores de un duro invierno.
  
• Ximénez Jurado comentaría que la ciudad era fuerte así por la asperaza de su sitio, que obligaba a no poder levantar máquinas, ni ingenios de guerra para combatirla, como por la fortaleza de sus muros, dentro de los cuales había mucha gente de pelea bien prevenida de armas y bastimientos. La defensa, por tanto, fue dura.
  
• Todo ello aconsejó al rey cristiano hacer uso de la paciencia y practicar una de las técnicas de asalto más antiguas: el hambre.
  
• La actitud del rey fue quebrantando la moral de los sitiados.
  
• El wali Omar-ben-Muza procuraba infundir ánimo en sus huestes, pero los prometidos refuerzos de los nazaritas granadinos no llegarían nunca.
  
• Finalmente, Alahmar se presentó en el campamento cristiano y se declaró vasallo de Fernando III, besando su mano, en prueba de lo que le entregó la ciudad de Jaén.
  
• Alhamar pensó que de prolongar la defensa de la ciudad podría peligrar su aún nuevo reino de Granada.
  
• Así, el tratado reconocía el dominio del rey moro de sus tierras en vasallaje, concepto en el que abonaría al cristiano la mitad de sus rentas calculadas en 150.000 maravedíes anuales.
  
• El rey moro iría anualmente a las Cortes, sentándose entre los ricohomes.
  
• Una vez cerrado el pacto, el ejército musulmán se replegó hacia Granada.
  
• Durante años en Jaén ha existido la creencia de que la ciudad se tomó el 25 de Noviembre, día de la patrona de la ciudad, Santa Catalina de Alejandría.
  
• En realidad ya el mismo Ximénez Patón descarta este hecho y achaca su elección como patrona a que fue ella quien se le reveló al rey santo para indicarle que sería señor de la ciudad en poco tiempo.
• Fernando dispuso una gran procesión para escenificar su entrada en la ciudad.
  
• Delante iba el ejército con sus banderas, seguido de las milicias de los Concejos, con pendones. Les seguían prelados, religiosos y sacerdotes seguidos de una imagen de la Virgen, que se cree que podía ser la de la Virgen de la Antigua, y a continuación el rey con los ricohomes de Castilla y de León y los maestres y freires de las Ordenes Militares.
  
• La comitiva se dirigió directamente a la Mezquita Mayor. Una vez purificada y consagrada, le dio el nombre de Santa María y levantó un altar en honra, en el que cantó solemnemente misa don Gutierre, obispo de Córdoba.
  
• Se cuenta que el Rey clavó su espada en el lugar del Monte de Santa Catalina en el que hoy se sitúa la Cruz.
• El rey permanecería en la ciudad unos ocho meses, en los que se dedicó a cuestiones de gobierno: concede fueros a Alcalá de Abenzaide, franquezas y heredamientos a los nuevos pobladores, agrega a su jurisdicción castillos y lugares, nombra primer alcaide de éstos y del alcázar de Jaén a D. Ordoño Álvarez de Asturias, señor de Noroña y, finalmente, parte hacia Sevilla.
  
• El rey estableció en la ciudad sede episcopal.
  
• Fueron muchos los que vinieron a poblarla de otras regiones españolas.
  
• También se mandó construir un palacio extramuros, en el solar que hoy ocupa la Diputación. Colateral a él, hace construir la Capilla Real y ordena que nunca podrá demolerse.