Desde allí, su padre mandaba la escuadra para la guarda del Estrecho.
Transcurrió su infancia y juventud en Granada y Gibraltar.
En 1535 fue nombrado por Carlos V alcaide perpetuo de Gibraltar.
En 1544 acompañó a su padre en el combate en que derrotó a la escuadra francesa en la ría de Murcia. siendo su bautismo de fuego con 18 años.
En 1549, coincidiendo con su matrimonio con doña Juana de Zúñiga, hija de los Condes de Miranda, se constituyó a su nombre el mayorazgo de las villas de El Viso y Santa Cruz y de otros muchos bienes.
En 1562 le fue expedido el título de Capitán General de 8 galeras y una fragata para proteger la costa desde Gibraltar al Cabo de San Vicente.
En los años siguientes participó con éxito en varios lances como la ocupación del Peñón de Vélez de la Gomera o el socorro de Malta, amenazada por los turcos.
En 1568, tras su segundo matrimonio, fue nombrado por Felipe II Capitán General de las Galeras de Nápoles, luchando contra la piratería y participando en el auxilio de La Goleta, amenazada por los berberiscos.
En 1571 participó en la Batalla de Lepanto, mandando la decisiva Escuadra de Reserva que tuvo un importante papel en la contienda.
En 1576 fue nombrado Capitán General de las Galeras de España, y cuatro años después dirigió la ocupación por mar de Portugal, cuya corona reclamaba y consiguió Felipe II.
Encargado por el rey de preparar la Armada contra Inglaterra, sufrió falacias e intrigas que poco después le llevaron a su lecho de muerte, que ocurrió en 1588.
Cervantes, que estuvo a su servicio en Lepanto, le llamó "padre de soldados, venturoso y jamás vencido capitán".