Cuyo nombre de nacimiento era Juan de Yepes Álvarez.
Fue un religioso y poeta místico del renacimiento español.
Considerado por muchos como la cima de la poesía mística, destacando entre sus obras líricas el Cántico Espiritual y Noche Oscura.
Fue reformador de la Orden de los Carmelitas y cofundador de la Orden de Carmelitas Descalzos con Santa Teresa de Jesús.
Nació en el 24 de junio de 1542 en la localidad abulense de Fontiveros, sita en la amplia paramera delimitada por Madrigal de las Altas Torres, Arévalo y Ávila.
Fue hijo de un tejedor toledano de buratos llamado Gonzalo de Yepes y de Catalina Álvarez.
Tenía dos hermanos mayores llamados Francisco y Luis.
El padre de Juan murió cuando tenía cuatro años lo que dejó a la familia en una difícil situación.
Su hermano Luis murió cuando él tenía seis años, quizá por mala alimentación.
La madre y los dos hijos restantes, Francisco y el propio Juan, sufren una acuciante pobreza por lo que se ven obligados a trasladarse primero a Arévalo, donde viven durante cuatro años, y en 1551 a Medina del Campo.
Estas penalidades pasadas hicieron de Juan un hombre de escasa corpulencia, bastante bajo de estatura, tanto que Santa Teresa de Jesús lo llamaba «mi medio fraile».
El incremento de fortuna, que les reportó el matrimonio del hermano mayor con Ana Izquierdo, consiguió que se establecieran allí definitivamente.
Juan, gracias a su condición de pobre de solemnidad, pudo asistir al Colegio de los Niños de la Doctrina, privilegio que le obliga a realizar ciertas contraprestaciones, como asistir en el convento, la ayuda a Misa y a los Oficios, el acompañamiento de entierros y la práctica de pedir limosna.
La mínima formación recibida en el colegio le capacitó para continuar su formación en el recién creado (1551) Colegio de los Jesuitas, que le dio una sólida base en Humanidades.
Como alumno externo y a tiempo parcial, debía compaginar sus estudios con un trabajo de asistencia en el Hospital de Nuestra Señora de la Concepción de Medina del Campo, especializado en la curación de enfermedades venéreas.
Así, pues, entre 1559 y 1563, estudia con los Jesuitas; durante los primeros tres años, recibe la formación según la novedosa Ratio Studiorum, en la que el latín era la base de todo el currículo; en el cuarto año, aparte de recibir instrucción retórica, aprende a escribir en latín, a construir versos en este idioma y a traducir a Cicerón, Julio César, Virgilio, Ovidio, Marcial y Horacio.
Simultáneamente, vive las nuevas corrientes del humanismo cristiano, con estilo y comportamientos renovados en la pedagogía.
A los veintiún años, en 1563, ingresa en el Convento de los Padres Carmelitas de Medina del Campo, de la Orden de los Carmelitas, y adopta el nombre de Fray Juan de San Matías.
Tras realizar el noviciado entre 1563 y 1564 en el Convento de Santa Ana, se traslada a Salamanca donde estudiará en el Colegio de San Andrés de los Cármenes entre 1564 y 1567 los tres cursos preceptivos para bachillerarse en artes.
Durante el tercer curso, fue nombrado, por sus destrezas dialécticas, prefecto de estudiantes en el colegio de San Andrés.
Su insatisfacción con el modo de vivir la experiencia contemplativa en el Carmelo, le hacen considerar irse a la Cartuja, pero en 1567 regresa a Medina del Campo por unos pocos días para ser ordenado presbítero y celebrar su primera misa en presencia de su hermano, el resto de su familia y sus amigos del convento y allí conoce a Teresa de Cepeda y Ahumada, futura santa Teresa de Jesús, que había llegado a la ciudad para fundar una nueva sede de su «Reforma carmelita», los llamados carmelitas descalzos.
Teresa convence a Juan y lo une a su causa de reforma de su orden, que tropezó con una gran hostilidad por parte de los carmelitas calzados.
Juan regresa a Salamanca e inicia estudios de teología durante el curso 1567-1568, pero sólo termina un curso de cuatro por lo que no obtuvo ni siquiera el grado de bachiller.
En agosto abandona Salamanca para acompañar a Teresa en su fundación femenina de Valladolid.
El 28 de noviembre de 1568 funda en Duruelo el primer convento de la rama masculina del Carmelo Descalzo siguiendo la «Regla Primitiva» de San Alberto esto es, un establecimiento que propugna el retorno a la práctica original de la orden.
Durante la ceremonia cambia su nombre por el de fray Juan de la Cruz.
En 1570 la fundación se trasladó a Mancera, donde Juan desempeñó el cargo de subprior y maestro de novicios.
En 1571, después de una breve estancia en Pastrana, donde puso en marcha su noviciado, se establece en Alcalá de Henares como rector del recién fundado Colegio convento de Carmelitas Descalzos de San Cirilo.
Juan se convierte en uno de los principales formadores para los nuevos adeptos a esta reforma carmelitana.
En 1572 viaja, invitado por Teresa de Jesús, al Convento de la Encarnación en Ávila, donde asumirá las tareas de vicario y confesor de las monjas.
Así, en 1575, el Capítulo General de los Carmelitas decidió enviar un visitador de la Orden para suprimir los conventos fundados sin licencia del General y de recluir a la madre Teresa en un convento.
Permanecerá en el Convento de la Encarnación en Ávila hasta finales de 1577, por lo que acompañará a la madre Teresa a la fundación de diversos conventos de descalzas, como el de Segovia.
Durante este periodo, en el seno de la Orden del Carmelo se habían agravado los conflictos jurisdiccionales entre los carmelitas calzados y descalzos, debidos a distintos enfoques espirituales de la reforma; por lo demás, el pleito se enmarcaba también en la confrontación entre el poder real y el pontificio por dominar el sector de las órdenes religiosas.
Finalmente, en 1580 el Carmelo Descalzo se erige en Provincia exenta y en 1588 es reconocida como Orden.
En este contexto es en el que se produce el encarcelamiento de Juan de la Cruz, quien ya en 1575 había sido detenido y encarcelado en Medina del Campo durante unos días por los frailes calzados.
La noche del 3 de diciembre de 1577 Juan de la Cruz es nuevamente apresado y trasladado al convento de frailes carmelitas de Toledo, donde es obligado a comparecer ante un tribunal de frailes calzados para retractarse de la Reforma teresiana.
Ante su negativa, es recluido en una prisión conventual durante ocho meses.
Durante este periodo de reclusión escribe las treinta y una primeras estrofas del Cántico espiritual (en la versión conocida como protocántico), varios romances y el poema de la fonte, y los canta en su estrecha reclusión para consolarse.
Tras concienciarse de que su liberación iba a ser difícil, planea detenidamente su fuga y entre el 16 y el 18 de mayo de 1578, con la ayuda de un carcelero, se escapa en medio de la noche y se acoge en el convento de las Madres Carmelitas Descalzas, también en Toledo.
Para mayor seguridad, las monjas lo envían al Hospital de Santa Cruz, en el que estuvo mes y medio.
En 1578 se dirige a Andalucía para recuperarse completamente.
Pasa por Almodóvar del Campo, cuna de los místicos San Juan de Ávila y San Juan Bautista de la Concepción.
San Juan llega a Villanueva del Arzobispo en 1578, auspiciado por Santa Teresa y la reforma de la Orden del Carmelo. Es nombrado Prior del Convento El Calvario, donde llega muy enfermo y desmejorado por las penurias de su cautiverio, por lo que permanece unos meses en el Monasterio de Carmelitas Descalzas.
El Convento del Calvario forma parte de la primera etapa del Camino de San Juan de la Cruz , que se inicia en Villanueva del Arzobispo y enlaza con Beas de Segura hasta Caravaca de la Cruz.
Entabla amistad con Ana de Jesús, tras algunas visitas a la fundación de Beas.
En junio de 1579 se establece en la fundación del Convento de Carmelitas Descalzos de Baeza donde después de fundarlo permanece en él como Rector del Colegio Mayor hasta 1582, en que marcha para Granada tras ser nombrado Tercer Definidor y Prior de los Mártires de esa ciudad.
Realiza numerosos viajes por Andalucía y Portugal, por razones del cargo.
En 1588 es elegido Primer Definidor y Tercer Consiliario de la Consulta, la cual le traslada a Segovia.
Tras un nuevo enfrentamiento doctrinal en 1590, es destituido en 1591 de todos sus cargos, y queda como simple súbdito de la comunidad.
Durante su viaje de vuelta a Segovia, cae enfermo de "calenturillas" en el convento de La Peñuela de La Carolina y es trasladado a Úbeda, donde muere la noche del 13 al 14 de diciembre de 1591, concretamente a las 12. (…) “Yo recibí aquí en la Peñuela el pliego de cartas que me trajo el criado. Tengo en mucho el cuidado. Mañana me voy a Úbeda a curar de unas calenturillas, que, (como ha más de ocho días que me dan cada día y no se me quitan) paréceme habré menester ayuda de medicina “(…).
El "frailecico" Juan de Yepes, fray Juan de la Cruz, aquejado de unas "calenturillas", y sabiéndose muy enfermo, arribó el 28 de septiembre de 1591 en el convento carmelitano de Úbeda. Aquí pasaría sus últimos días por su propia voluntad, enfrentado a la animadversión de fran Crisóstomo el prior ubetense, aun siendo consciente de las hostilidades que despertaba en él. El Santo, después de días de tremendos dolores, exhaló su último suspiro el 14 de diciembre. El licenciado cirujano Ambrosio de Villarreal perteneció a una familia ubetense cuna de grandes y afamados médicos. Este personaje fue quien asistió a San Juan de la Cruz cuando enfermó y llegó al convento ubetense de los carmelitas, certificando su fallecimiento. Cuenta la leyenda que cuando el pueblo oyó en el silencio de la madrugada que la campana de los descalzos tocaba a difunto, se agolparon en el convento cientos de ubetenses deseosos de tocar y llorar al milagroso Juan de la Cruz enterrado con un pobre hábito de limosna.
En 1593 el cuerpo de San Juan de la Cruz es robado sigilosamente por una comitiva mandada desde Segovia, durante la media noche, antes de que la ciudad advirtiese el hurto y fuese llevado a Segovia. Aunque la furtiva operación fue observada por un vecino de la calle, el albañil Salvador Quesada, que por temor o por cualquier otra causa no dio aviso hasta el día siguiente. También es interesante conocer que Cervantes vivió un tiempo en Úbeda, por lo que debió conocer la noticia, ya que luego la inmortaliza en el capítulo XIX de la primera parte del Quijote, donde el famoso hidalgo entabla una de sus aventuras contra “hasta veinte encamisados”, que llevan un féretro hasta Segovia, aunque indican que vienen de Úbeda. En cualquier caso, la ciudad de Úbeda no se resignó al expolio y entabló pleito con Segovia. Desde las antiguas casas consistoriales se aprobó en febrero de 1596 la petición de la devolución del venerado cuerpo del Santo al Papa Clemente VIII que expide su Breve Apostólico “Expositum nobis fuit” en el que reconoce los derechos de Úbeda y manda la restitución del cadáver a donde se le dio primera sepultura. Como es sabido, Segovia no facilita el cuerpo y Úbeda, tras el largo y ruidoso pleito, en 1607 consigue recuperar parte de las reliquias del reformador carmelitano. Tras muchas disputas se logró que se trajese a Úbeda un brazo y una pierna, que son instaladas en este convento.
El proceso de beatificación y canonización se inició en 1627 y finalizó en 1630.
Fue beatificado en 1675 por Clemente X, las solemnes informaciones conducentes a la beatificación de San Juan de la Cruz se celebraron en la Sacra Capilla de El Salvador del Mundo en Úbeda y canonizado por Benedicto XIII en 1726.
Posteriormente, el 24 de agosto de 1926, Pío XI lo proclama Doctor de la Iglesia Universal.
Desde 1952 es el patrono de los poetas en lengua española.
Se conservan algunas descripciones que nos presentan el aspecto físico de San Juan de la Cruz, ya que no se conserva ningún retrato auténtico. Fray Eliseo de los Mártires lo describe: Fue un hombre de mediano cuerpo, de rostro grave y venerable, algo moreno y de buena fisionomía; su trato y conversación, apacible, muy espiritual y provechoso para los que le oían. Fray Jerónimo de San José nos da otros detalles: El rostro, de color trigueño, algo macilento, más redondo que largo; calva venerable con un poco de cabello delante. La frente ancha y espaciosa, los ojos negros (...) Traía algo crecida la barba.