- Fue fundado, según la tradición, por San Francisco en 1214.
- De la primitiva iglesia de una nave se conservan parte de los muros exteriores y algunas capillas.
- En 1495 fue consagrado como arzobispo primado de Toledo el cadenal Cisneros en la Capilla de La Piedad, ante los Reyes Católicos.
- Tras la desamortización de Mendizabal las dependencias franciscanas sirvieron como hospital municipal del Sancti Spiritus.
- En el siglo XX se demolió gran parte de las depenencias y hoy solo se ha conservado el claustro, la biblioteca, actualmente Escuela Oficial de Idiomas, y la iglesia, que ha funcionado durante las últimas décadas como catedral sustitutoria durante las obras de la catedral.
- En 2014 se ha celebrado el 800 aniversario de la fundación del convento.
- Es una iglesia muy ligada a la semana santa pues en ella se representa el viernes santo el descendimiento, la guardia de los alabarderos y el sellado del sepulcro de cristo.
- El retablo mayor presenta unas dimensiones mayores que ningún otro en la ciudad, así como la capilla del Santo Cristo de la V.O.T.