- Del siglo XVII construida por los jesuitas.
- Planta de cruz latina.
- Tiene pinturas de Goya en las pechinas y en la sala capitular.
- El presbiterio está cubierto con una concha al gusto centroeuropeo.
- Los laterales tienen panzudas tribunas con sus celosías.
- La sacristía es barroca con muebles taraceados.
- Dedicada originalmente a la Virgen del Pilar cuando los jesuitas fueron expulsados de España, se dedicó a San Juan.
- Órgano barroco de extraordinaria calidad.