Ya era citado en 1393 cuando Pedro Sanchez de Berrio regidor de la ciudad, vecino de San Miguel y vasallo de Enrique II compró dos de sus ruedas.
Tras la conquista de Granada su nieto también regidor, llamado Pedro Sanchez de Berrio compró a su hermana, viuda de Pedro de Iranzo su parte.
En 1751 refería el Marques de la Ensenada como beneficiados de sus piedras el desaparecido Hospital de Jesus y Maria que se encontraba en la Calle Berberiscos y al Convento de San Juan de Dios.
Todavía en 1820 había 9 molinos harineros en Jaén, los mas importantes los del Río Jaen, eran los de Lope Pérez Alto y Bajo.
Reedificado por Don Jose Escabias en al año 1878 y llamado de San Jose.
Junto al de Molino de Lope Pérez Bajo los molinos harineros mas importantes de la ciudad.
Propiedad de la oligarquía local y arrendado a un molinero, fue un molino de hasta cuatro ruedas, que se accionaban con el sobrante de un caz inmediato al Río Jaén que todavía seguía existiendo.
En su fachada sendas placas rezan "Molino de San Jose antes Lope Perez, reedificado por Don Jose Escabias año 1878" y "Restaurado por Don Jose P. Barrios e hijos entre 1998 y 2009".